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这个时期，本来是晓袭击各大忍村，收集尾兽的时期，然而因为自来也三年前就找长门谈了人生与理想，所以晓基本没什么动作。
基本上因为柳莺梓的关系，整个剧情已经彻底崩了。
当鸣人和佐子回来的时候，身为五代火影的纲手便发布命令，让自来也带着鸣人、佐子和卡卡西一起行动，去对付晓组织——主要是对付以宇智波带土那一系的人马。
这件事就要靠长门帮忙了，所以自来也当即联系上了长门。
长门得知木叶要采取行动的时候，顿时有了一种‘终于开始行动，已经等得不耐烦’的感觉，然后就配合木叶一方行动起来。
结果，长门的背叛早就被发现了，然后在行动的时候，带土先一步行动，找到了大蛇丸并与大蛇丸展开合作。
也不知道土哥许了什么诺给大蛇丸，反正在付出了一大堆东西后，大蛇丸同意和土哥合作，两人一起联手，用秽土转生联手袭击长门，在木叶的人赶到之前将长门杀了并夺走了轮回眼。
这下晓组织内乱了，然后带土揭开身份，以宇智波斑的名义拦下晓组织的控制权，让剧情走回原点，晓组织在他的命令下开始袭击各大村子夺取尾兽。
总之，在发生了一系列事后，大蛇丸和佐子对上了，并在带土的帮助下准备夺取佐子的身体，还差一点成功了。
只不过最后柳莺梓在佐子体内留下的力量起了作用，佐子绝地反扑。反灭了大蛇丸。而药师兜看大蛇丸嗝屁，一下子崩溃了，拉着大蛇丸的尸体就去求合♂体。最后和原著一样变成了大蛇兜，然后和带土联手。与整个忍界宣战。
