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万历二十九年元旦日，朱翊钧昭布天下：田雌凤、杨朝栋、杨兆龙、何汉良、田飞鹏、田一鹏、孙时泰、马千驷等首逆、从逆，于菜市口斩首。其余赦了死罪的人也是阉割为奴或发配教坊司，只侥幸逃脱了性命。
十恶不赦大罪中的第一大罪就是谋逆反叛，在此大罪之下，唯一落得较好结局的，是因为万历皇帝的恶趣味，而被赠送给叶小天的杨花杨小萝莉。
随后，朝廷将杨应龙及其一众党羽的首级做了防腐，旋即传示川黔云贵等地，这是对各方土司的一种威慑。
杨氏家族近八百年的播州基业毁于一旦，杨氏宗族几乎被斩尽杀绝，直到最后关头，依旧死守海龙囤的贼属五千五百余人，被流放闽广。
此役，朝廷斩杀贼众两万余人，俘其贼属近六千人，先后俘虏或招降近十二万人，播州地方一团糜烂。
这一仗，朝廷赢了，可实际上却也是惨胜。为了这一仗，朝廷从十五个省抽调了军队，由李化龙亲自遴选全国各地“精明干练”的府、县知事百余人，调用十个省的兵器制造坊和兵器库的兵器设备。
仅仅是攻打海龙囤的最后一战，朝廷方面就阵亡将官七十八人，士兵四千六百余人，重伤近一千人，轻伤近两千五百人，加上土兵，总伤亡人数达到惊人的三万余人。
