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圣裁部：主要负责对各郊区内的神职人员进行保护以及监督。
神圣军团：主要负责战斗，也是教会力量的最终体现，更是教会对外战争的主力军，也是目前人数最多的一个部门。
监察部：主要负责维护信仰与教义，查禁和制裁任何违反信仰原则及教义教规的言论和刊物主教部：主要负责各地教区的设立与开辟。接受并研究各教区的报告。监督各地的主教会议，同时负责监督。
礼仪部：主要负责天神教内利益和称呼的规范化，合理化，要最大程度的体现出天神大人的威严。
圣职部：主要负责研究和处理各教区的神职人员的培训和生活等问题，更是有定期的考核，只有通过考核才可以继续担任当前的职务，职务不同考核的方向和难度也不同。
无信仰者研究部：主要负责研究无神论的背景和思想，寻找共同点，与无信仰者进行对话，更加有利于信仰的传播。
