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大多数官员，如领议政柳成龙、左议政崔兴元、右议政尹斗寿（李恒福与尹斗寿同为西人巨头，柳成龙为南人首领，崔兴元党派不详）皆反对宣祖的提议。商议之下，决定将朝廷一分为二（分朝），一部分人随宣祖渡江，其他人则在光海君的领带下驻守朝鲜。
十七岁的光海君李珲受命权摄国事，担任抚君司代替宣祖赴前线抚军，表现出色，得到许多义军领袖和百姓的支持。李珲收集流散的军队和义兵，号召通国勤王，以图恢复。
李珲的这个举措振奋了朝鲜民心军心，对全国团结一致打击倭寇很有作用。万历二十一年，日本撤出汉城，退守釜山，并将虏获的临海君和顺和君两位王子送还，倭乱暂时告一段落。此时，宣祖已经属意于光海君了。
然而，分朝却使得宣祖和光海君的关系越发生疏。
原因有两个：其一，光海君做为世子最主要的任务便是在侍讲院学习与一日两次向宣祖问安以示孝道（1593年3月，由于明兵的介入，宣祖的朝廷暂在开山落脚，光海君则驻守定州，9个月后才回到汉阳）。但是由于光海君频频卧病在床，因此辜负了宣祖的期望，导致宣祖对光海君多有不满。
其二，分朝直接让光海君分享了一部分宣祖的王权。宣祖在战争时贪生怕死的表现让自己失尽民心，受到台谏（即司宪府、司谏院之合称）不留颜面的指责，更有大批儒生上疏要求宣祖退位于光海君。
如此，宣祖致力收复王权，打压世子。壬辰倭乱期间（1592-1598），他18次提及禅让王位或让光海君摄政，但其目的只不过是在考验世子和群臣对自己的忠心，以便除去任何威胁。为了限制光海君的权利，宣祖在分朝时，以光海君还没有受到大明册封为借口，不愿颁发世子印。宣祖甚至禁止光海君入殿请安，让光海君的世子之位岌岌可危。
