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在此基础上，在北京设立参谋总部，由董宣武负责，负责拟定各种战略预案。并下设大明高级军官学院，所有团及团以上军官必须经过高级军官学院培训后才能任职。
大明高级军官学院名义上的校长是大明皇帝，但具体事务，也是由董宣武负责。
另外，原明军其他部队也将以旅为单位，陆续进行整编成乙种地方部队，彻底取消原有的卫所军户制，改为募兵制。不过这方面的改编涉及方方面面，不可能像五行卫那般迅速，估计要延续很长一段时间。
与此同时，董宣武还提出预备役制度。只是这一条遭到了东林党人的强烈反对而没有在廷议上通过。东林党认为此举纯粹是浪费国帑（念tǎng）、穷兵黩武。
这五个军的所需饷银和开支，将暂时由参谋总部提供绝大部分，兵部象征性地提供少部分银两。
值得一提的是，五行卫整编后，五行商会中原五行卫所持有的股分将直接转到参谋总部名下（私人所持股分不变）。所以，参谋总部才有支撑这五个军的财力。
鉴于大明官场目前贪污横行的情况，董宣武不可能一下子把五行卫所持股分交给朝廷，那样一来，相信要不了多久，这只会下金蛋的鸡就会被人吞得连渣都不剩。没有五行商会财力上的支持，由五行卫改编来的这五个军很快就会垮掉。这是董宣武坚决不可容忍的。所以，才会出现由参谋总部接受五行卫财产，负责这五个军主要饷银和开支的奇怪事情。
在这个问题上，东林党、保皇党大臣自觉理亏，也没好意思多做纠缠。当然，另外一个原因是，这是董宣武的底线所在，他们不敢在这上面惹毛了董宣武。毕竟，真要惹毛了董宣武，枪杆子又在董宣武手上，董二愣子的名声也不是吹出来的，他们也不会有好果子吃。
