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2、原本的设定中，扬枭原为月凉山的精怪，本性残暴贪婪，后来被剑圣制伏、囚禁于锁妖塔中。锁妖塔崩坏后，扬枭重回月凉山，为了洗刷之前被禁锢的耻辱，它决定要抢夺熊猫族的圣物“紫露竹心”，以获得强大的力量。现在的剧情则完全不同。
4、仙剑二原本有一个怪物叫“火蹄神鹿”，上可以搜到它的壁纸。
5、仙剑二的酆都，有一个鬼皇大殿，进去以后连背景音乐都变了，可是却没有任何剧情，难道不觉得奇怪吗？这原本也是有一段隐藏剧情的，但是被删了。
6、苏媚这个角色改动比较大。可是孔璘，这个人也有很深的故事，但是却被删、被改，孔璘原本有一个非常悲剧的故事。
如果一个人为某件事殚精竭智地操劳了一辈子，到头来却突然发现自己从一开始就搞错了人生观、是非观和价值观，那岂不是天大的讽刺？孔璘便是这样一个可悲的人物：原本他是神族的掌旗使，只因恃勇轻敌去擒拿无相天妖，反被无相天妖所蛊，认为自己是魔尊身边最忠诚的一条狗，从此完全舍弃了神族的身份，为魔尊的复活到处兴风作浪——最终还是靠得书中仙指点的李忆如当头棒喝才清醒过来（实际上是李忆如知道了神族中成仙那一派的致命弱点）。清醒后的孔璘赶紧回天界请罪，不过后来还是为了报答李忆如而从千叶手中救下了她（其实是在为自己赎罪），并将其带上天界面见了天帝——这便是李忆如达到“三皇”实力的契机（李忆如天生红发是因为她是自有女娲族以来唯一一位具有盘古真血的传人，你可以理解为基因变异）。
7、那个假灵儿原本是苏媚变的，她和孔璘有密谋。
、幻画魅妖，这个人物是不可以出幻魅画轴的，但是现在版本却可以……
9、无相天妖和仙剑二魔尊的身份，实在是剪不断、理还乱。
20、沈欺霜和王小虎最后成亲了。
2、赵灵儿和王小虎，这2个人物有某种关系，被删除了。
22、三魔器之一的“七宝琉璃花”，怎么得到的？现在版本中没说。
2、原本有一段很大的隐藏剧情，即“魔尊”风长清与“无相天妖”金玉婵的事情。“魔尊”风常青其实原为蜀山弟子，因爱上“无相天妖”金玉婵而自甘堕入魔道，因其剑术超群而被诸魔奉为“魔尊”，身体或者心性也逐渐趋向与魔性，最后与同门倒戈……
多年前，无相天妖觊觎蜀山灵力，化身美女金玉婵勾引蜀山弟子风长清，引其入魔道，并助其成为魔尊。同时致天神孔璘自堕为魔族掌旗使，封印其记忆，自己则在幕后吸取风的灵力。期间二人生下爱女清柔，与苗疆圣姑争夺独孤宇云落败，但清柔与独孤相处过程中习得蜀山剑术，与魔族力量相通融合，演化为后来的仙霞派剑法，并受蜀山正道感化，后于峨眉金顶开山立派，剿尽天下妖魔（话说峨眉金顶还是独孤给她让出来的呢）。后来无相天妖被蜀山的三十六天罡剑阵勉强封印，但因为一姜姓弟子入锁妖塔救月柔霞（也就是姜婉儿的生母）缺席而导致剑阵不牢。孔璘抓住间隙暗暗布阵，希望借助李逍遥的力量破去剑阵，救出无相天妖，并希望借女娲之血助刚刚解除封印的天妖尽快恢复实力。
24、仙二原本有隐藏结局：喻南松临死前跟王小虎说要把他的骨灰带回山东老家，但沈欺霜却告诉王小虎她在整理师姐妹的遗物时发现原来梅胜雪一直偷偷跟喻南松相好，不过两人都是恬淡内向的性子，致使这件私事并不为人所知。如今这对鸳鸯都已不在人世，想起喻南松一直孤零零的一个人，王小虎觉得自己应该满足她三师姐未竟的心愿，将喻梅二人葬在一起——这里产生分支结局：若将骨灰送回山东，则会引出风长清与金玉婵的隐藏剧情，从而表现赵灵儿与王小虎之间深深的羁绊（关键物品是当年赵灵儿赠给王小虎的盛着紫金丹的瓷瓶，王小虎一直贴身收藏）；若将骨灰送到峨眉，则进入普通结局（也就是不会有赵灵儿的相关剧情）。
