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然而，星际海盗只是表面现象，星联内部已被病毒侵蚀。星历300年，随着星联领土在宇宙中的不断拓展，太空航行和通信技术尚未取得突破性发展，星联中央与边境星系的联系越来越弱，不信任与分离情绪应运而生。
中央政府无法信任边境星系的忠诚，而边境星系也厌恶星联中央的压迫。在星联主席选举中，作为边境星系代表的天狼星系候选人王子墨，仅以一个百分点之差败于出身太阳系的中央派候选人劳伦斯·波多安。劳伦斯·波多安胜选，成为第72任星联主席。
劳伦斯·波多安一上任，便颁布了著名的边境星系加税法案。被中央派控制的星联议会强行通过了这项法案，边境派和中央派的矛盾一触即发。终于，在星历330年，第一个反抗者出现了。不堪重负的天狼星系人民攻击了从星联中央赶来的税警舰队，揭竿而起，宣布脱离星联。
星联中央政府怎能容忍这样的叛乱发生，急令太空军舰队前往镇压。星联太空军实力强大，实力弱小的天狼星系自然不是对手。几个回合下来，天狼星系便败下阵来，宣布投降。然而，反抗的火焰并未熄灭，只是暂时隐藏了起来，等待合适的时机再次燎原。
二十年后，即星历350年，天狼星系再次叛乱。此次，天狼星系联合了几家难以忍受高昂税率的边境星系，共同对抗星联中央政府，声势浩大。星联中央政府再次派太空军舰队进行镇压。战争并未迅速平息，而是持续了十年之久。
中央政府最终取得了胜利。在太空军大提督蒙治下达发射“黑洞湮灭弹“命令，毁灭一颗生命星球后，反抗军宣布投降。这场战争被历史书称为第一次星联内战。战后，星联中央政府已无力约束星联内的各个星系。
既然有第一次星联内战，便会有第二次。星历380年，边境星系派与星联中央政府再次爆发内战。这一次，中央政府已无力镇压边境星系派，战火波及整个星联内部。战争持续至星历388年。一件事的发生，打乱了整场战争的节奏。
