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然而，在上海之外的地方，情况就不容乐观了。地方官府并没有上海这样较为先进的医疗系统，并且地方官们对疫情的防治也并不如曾纪泽这样重视，他们更多的注意力用在了对付太平军的战争之中。
因而，当瘟疫结束时，整个江苏一省死亡的人数达到八万之多，这只是下头报上来的数字，排除了中国官员们虚报数字的传统，曾纪泽估计死亡的实际人数最少也在十五万以上。
而太平天国的战乱造成了南方地区近一亿人口的死亡，十五万的数字相对于一亿而言简直可以忽略不计。
在疫情基本得到控制之后，曾纪泽随即展开了下一步的军事计划。根据太平军的城防体系，曾纪泽采取了分路合围苏州的战术，在攻取江阴后，趁太平军受挫、元气大伤之际，立即进兵分扎。
在考察过苏州地势，并听取了李鸿章等人的意见，认为要攻取苏州，陆路有三条：一是从胥门、葑门至吴江、平望，已派黄翼升部水师驻守；一是从娄门至昆山，已督潘鼎新团驻守；最后一条是从闾门、浒关至无锡。第一、第二路已为淮军打通占领，而第三路仍为太平军控制。所以，李鸿章决意攻克无锡。
此时，太平军护王陈坤书部退守常州，潮王黄子隆退守无锡，为防常锡相互援应，曾纪泽急令刘铭传团由江阴出，进扎江阴、常州、无锡三县交界的青阳镇，兼防护王绕袭其后。令吴长庆部进扎无锡近郊之缑山，作为主攻无锡的力量，令向望海所部两营驻守江阴，急调张树珊团进扎张泾桥，以援应吴长庆团后路，并保证粮道畅通。与此同时，曾纪泽命刚刚伤愈复出的程学启率本部人马逼至了苏州近郊，构建防御工事，为下一步的攻城之战做准备。
淮军的一举一动都逃不出李秀成的眼睛，他很快意识到了淮军的战略意图，从金陵返回苏州不久，便从各地抽调了13个王的10余万军队，抢先从无锡全线出击，力图一举全歼吴长庆团，并指挥苏州太平军出城作战，消灭兵临城下的程学启团，解除苏州之围，挽救苏州的危局。
