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法院脱离司法部，成为独立的国家机构。司法部分为廉政公署、中央调查署、海关总署、检察总署等多个直属部门。地方上，设省执法局、公路警察局等省一级警备部门，省与中央两级相互平行，互不隶属。
将警察部门从内务部中剥离，归于司法部管辖，内务部改组为国家安全局、特警部队、海岸警卫队等多个准军事武装力量。
新的司法修正条例，进一步将司法从行政中剥离出来，尤其是法官的权力得到了极大的提高，除了皇帝之外，几乎不归属于任何政府机构指挥。
曾纪泽的司法改革又一次引起了轩然大*，内阁会议上，包括李鸿章在内的三位总理都提出了反对。
“皇上，法官独立于行政之外，权力实在是大得有点过分了。”
李鸿章一改往常中庸的处事之道，第一个站出来反对。这也难怪了。当初九人委员会成立之时，他以为皇帝只是一起兴起，单为胡雪岩一案而设，岂知案子结了，皇帝非但不撤，反而变本加厉，将这实践彻底的付诸于实际当中。如此一来，就等于李鸿章这个总理的权力被削去了一大块，狗嘴里抢骨头，他当然不能轻易就范了。
曾纪泽哼了一声，质问道：“朕给法官这么大的权，就是为了让他们不受你们这些官员干扰，公正客观的断案，朕实在不觉得这权力给的过分了。”
李鸿章却道：“当今之计，国家的中心任务是发展经济，倘若官府想施行一项事关大局的工程，而那些法官们却死咬着几条法律条文不放，非判决不可施行官府方面却无可奈何。如此一来，虽是依了法，但国家却损失了更大的利益，岂非因小失大。臣举这个例子。只请皇上三思。”
曾纪泽起身，踱步于大殿之中，道：“殖产兴业，富民强国，此乃强国之策。但凡事都以利字当先，却绝非兴国之道。李总理以为损失白银万两是大，错判一案是小，但朕却觉得恰恰相反。纵观古今，放眼四海，任何一个强国，无不是法律严明之国。法律代表着国家的尊严，代表着子民对国家的信任，说白了，就是一个国家的灵魂，如果连灵魂都可以随时出卖，那么朕倒要问一问诸位，这个国家还有希望吗？”
