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还一灵力大者，喜与山川草木、飞禽走兽为伍，善驯鸟兽，洞悉医理，名神农。
再数万年，有一异灵现世，自名混元圣母，称是盘古开天辟地之时，劈断的混沌灵根所化。她认为天地开辟有违混沌之本，要将天地重新归于混沌，率凶魔怪兽荼毒生灵。
伏羲、女娲、神农观天地异象突生，现身世间率万灵抵御混元圣母。此一战，乾坤震动，天地巨变，死伤无数。后来混元圣母见一时难以取胜，率众遁去，三位远古大神也得以休养生息，重整山河。此为第一次魔界入侵，后世称为混元之战。
伏羲推演八卦算出天地之外另有一处异世界，称之为魔界，混元圣母就是在魔界修炼成型。于是，伏羲广聚众灵，任才用能，设立“神”界，监视魔界动向。
女娲有感混元之战后山河破碎，生气萎靡，用先天灵力仿照神形抟土造物，称之为“人”。并教授人礼乐祭祀，繁衍生息，异能之士层出。
神农将灵力赋予山川大泽，生出很多奇珍异兽，各负其能，能力大者又可幻化其形，称之为“妖”。后来，伏羲依八卦之象告知神农，天地间生灵死后，魂魄无处归依，以致阴阳不顺，乾坤不定，易被邪魔所侵，因此又设立冥界，让万物生灵死后的魂魄可通过冥界进入轮回，求得阴阳平衡。
那时，神、人、妖三族混居于地上，万物开泰，生机盎然。众生灵感伏羲、女娲、神农之恩，尊伏羲为天皇，也称天帝，女娲为人皇，神农为地皇。
