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三皇治世，四海升平，唯一所虑者，就是那不知何时会再次袭来的魔界异灵。
果然，数千年之后，混元圣母率魔界部众再次卷土重来，击破苍穹，屠戮世间。饶是万灵早有准备，恶灵瘟疫仍席卷天地。混元圣母以群魔乱舞之法，控制大量神、人、妖族，为己驱使。
神农不忍看生灵互戗，将自身灵力散布天地，净化被控众生，当时伏羲，女娲正在迎敌，无暇顾及，便派江萓、钦丕两位天君和灵山十巫在旁护法。不料，却被混元圣母发现，突然率军偷袭。
四名灵巫被打的形神俱灭；神农散尽灵力而死，只留元神在冥界；江萓和钦丕为掩护受伤的其他六巫逃走，拼力抵抗。结果江萓形体消亡，元神也被打散；钦丕被混元圣母所俘，后来送到魔界炼化成魔。
神农死后，其后嗣炎帝统领妖族，与人类的首领黄帝兵合一处，共同御敌。可是又发生了炎帝让贤，蚩尤作乱之事。伏羲大怒，让九天玄女授以黄帝兵书战册和轩辕神剑，又让五大天君之首的安负天君亲自辅助黄帝，这才伐灭蚩尤，稳住阵脚。
战事延续千年，战况愈加惨烈。天帝伏羲想用五行八卦阵诛灭混元圣母，但发动大阵需要五大天君各自掌管五行灵幡，才能发挥最大威力。此时江萓已死，钦丕被俘，安负天君也损耗巨大，暂时无法迎敌。伏羲不得已，以身作饵，将混元圣母引入阵中，将她暂时困住，又一体化三形，补上阵中空缺，千钧一发之际，五行八卦阵发动，混元圣母形神俱灭，但伏羲也受重创，难以再恢复原身。
女娲率众把魔族余孽赶回魔界，但魔界连接世间的出入口---元初门，又称魔界之门，先天既有，无法消除，女娲便化出大山镇压，阻其扩张，又将伏羲所留的五行八卦阵设立此处，防止魔物出现。魔界第二次入侵被彻底击败，后世称此战为千年之战。
战后，魔族大患虽除，但苍穹已破，天火降下，大地开裂，洪水蔓延，世间万物凋敝，生灵锐减，几成废土，天地有重归混沌之势。女娲不辞辛劳，炼石补天，掩土御洪；又四处奔走，剪除残留作怪的邪魔妖物，终于让世间再一次焕发生机。
